부산지역 학교 체육이 소수정예로 운영하는 학교 운동부와 일반학생 누구나 참여가 가능한 '부산형 전문스포츠클럽' 등 두가지 체제로 운영된다.

스포츠의 저변 확대를 위한 부산형 전문스포츠클럽은 단일학교나 체육특기자 중심에서 벗어나 지역 중심으로 일반 학생에게까지 다양한 수준의 다양한 종목에 참여할 수 있게 해 꿈과 끼를 키우고 스포츠 관련 적성개발과 진로 탐색의 기회를 갖도록 한다.

부산형 전문스포츠클럽은 종목별, 지역별, 학교별 특성을 고려해 법인설립운영형, 학교거점형, 교육청지정형, 회원종목단체직영형 등 4가지 유형으로 운영된다.