보건복지부가 지자체 등과 복지사업을 협의할 때 사업 타당성을 부실하게 검토하거나 지자체가 형식적으로 협의를 요청하는 등 복지사업 협의·조정제도가 취지와 달리 부실하게 운영되고 있어 과도한 재정부담을 초래할 복지사업이 남발될 수 있다는 우려가 나왔다.

또한 복지부가 협의지침에서 지자체의 재정여건 검토자료로 재정자립도 등 개괄적인 수치 자료 위주만으로 재원조달계획 적정성을 판단하고 있어 실제로 사업이 실현 가능한지 검토하지 못하는 문제도 있었다.

이번 감사에서 예산 규모가 큰 전남도 등 5개 광역지자체의 '농어민 수당' 사업의 협의 과정을 확인한 결과, 복지부는 재정자립도와 재정자주도 및 전체 예산 중 농어민수당 예산 비율만으로 재원조달 계획을 검토하고 협의 완료를 통보했다.