고위공직자범죄수사처는 3개의 수사부서와 1개의 공소부서로 구성된다.

공수처가 맡은 사건이 다른 기관에서 수사 중인 것과 중복되지 않는지도 검토한다.

사건분석담당관은 공수처가 접수한 사건의 수사 개시 여부에 관해 검증과 평가를 한다.