각종 보조사업 재정누수 방지, 채용절차 공정성 강화 등 구조적 부패･불공정에 대한 제도개선이 추진된다.

권익위는 부패･국민불편과 관련된 모든 기관의 불합리한 제도를 개선하도록 권고하고 그 이행여부를 관리하는 제도개선 역할을 하고 있다.

권익위의 제도개선은 각종 신고와 민원, 실태조사 등을 바탕으로 국민과 현장의 목소리를 정책에 반영하는 상향식 추진체계로, 관계기관 수용률은 95.3%에 달한다.